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Mai 2015 - réflexion sur les sujets de stage pour printemps 2016

LIG (MR)

  • Développement d'un modèle LDA multi-vues pour les données médicales, l'objectif est d'extraire automatiquement les thèmes latents des signaux mutlimodaux synchrones
  • Méthodes d'optimisation distribuées asynchrones pour la normalisation inter-échantillon en protéomique quantitative. question de TB:
    • Qu'est-ce qu'on met derrière les notions "asynchrones" et "distribuées" ?
    • publication décrivant la normalisation maxLFQ que l'on veut implémenter, voire améliorer: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24942700
    • Comme indiqué dans ma liste initiale des sujets d'intérêt pour le laboratoire EDyP, ce sujet n'est a priori pas un sujet de recherche, mais plutot un stage de "reverse engineering". Il faut donc trouver un moyen de rendre le sujet sexy en recherche, sans pour autant s'éloigner des besoins du labo EDyP par rapport à la normalisation inter-échantillon en protéomique quantitative. En d'autres termes, s'il s'agit de faire un stage sur les méthodes d'optimisation distribuée en générale, sans lien avec la méthode MaxLFQ, la dimension protéomique n'apparaitra pas vraiment et ne sera qu'un pretexte, ce qui n'a plus d'intéret pour EDyP. De manière duale, s'il n'y a que de la production de code, le LIG n'y trouvera pas vraiment sont intérêt. Il faut donc arriver à dimensioner un sujet faisant apparaitre les 2 aspects, ce qui peut être difficile...
    • Du point de vue d'EDyP, il est nécessaire que le délivrable soit un package R, ou du moins une routine qui puisse être appelée en R de manière transparente, afin de réaliser la normalisation MaxLFQ. Il convient donc de déterminer dans quelles mesures l'optimisation distribuée asynchrine est compatible avec ces contraintes.
    • Sinon, est-ce que d'autres membres de l'équipe AMA ou du LJK seraient interessé par d'autre sujets de stage évoqués ci-dessous ?

TIMC (JF)

    Mise au point d’indices de caractérisation de la déglutition sur signaux ventilatoires et mise en évidence de l’organisation temporelle des 3 types de phases (respiration, phonation, déglutition)
  • Contexte (ANR e-SwallHome 2014-2018) : Expliquer le comportement normal de deux fonctions couplées chez l’homme, la déglutition et la respiration, pour mieux comprendre les mécanismes à la base de comportements pathologiques dysphagiques, dysphoniques et dyspnéiques, consécutifs notamment à un Accident Vasculaire Cérébral.
  • Objectifs : Parvenir, à partir de mesures non-invasives (acquisitions sur volontaires sains et patients de signaux multimodaux synchrones), (1) à différencier les phases de respiration, de phonation et de déglutition et analyser le séquencement de ces phases et (2) à caractériser les déglutitions (physiologiques et pathologiques) afin d’envisager l’utilisation de ces mesures dans le cadre du suivi à domicile de ces patients.
  • Moyens : Analyse et traitement des signaux (approches spectrales et temps-fréquence, paramètre de complexité spectrale) pour faire émerger des indices pertinents quantifiables de caractérisation des 3 fonctions et plus particulièrement de la déglutition. « Fouille de données/classification/méthodes statistiques » de ces données dans l’optique du séquencement des différentes fonctions (respiration, déglutition, phonation) : recherche de chronogramme.

CEA (TB)

  • Programmation de librairies de calcul matriciel pour les matrices SDP en java (peut-être un stage de M1 peut faire l'affaire - pour un stage de M2, ca peut etre un bon moyen de tester ses capacités de codage)
  • Normalisation inter-échantillon en protéomique quantitative: il s'agit d'implémenter la méthode "fermée" MaxLFQ, qui consiste en une optimisation numerique (de type Levenberg-Marquardt) dans un langage ouvert et interfaçable avec des packages R.
  • Modèle de survie sur les valeurs manquantes: mettre en place un test de type likelihood-ratio, qui inclue dans la vraisemblance une prise en compte des valeurs manquantes par une analyse de survie
  • super resolution: application des outils developés par candès (super-résolution, Robust Uncertainty Principles, etc.) pour améliorer l'acquisition MS/MS... Ca peut être interessant, mais pour l'instant, j'ai un peu du mal à affiner le sujet...
  • manifold alignement: Alignement des distributions temporelles avec une méthode non linéaire, dans le genre de ce qu'à présenter Gustau Camps-Valls à statlearn
  • On peut aussi proposer un stage un peu plus en lien avec le travail de cécile fiche, sur le projet dynotep ?
  • suite du projet MIS sur le diagnostic de la nature des valeurs manquantes


15-16 mai 2014

  • Discussion sur les workshops qui seront tenus en juin
  • Débat et échanges d'idées sur les tenus des groupes de travail, la synergie à créer, etc.
  • Julie Fontecave de TIMC et Thomas Burger de CEA nous ont rejoint sur la coordination de Khronos
  • Il y a beaucoup de données et d'applications en biologies qui peuvent être traitées avec le cadres qu'on compte développer dans le projet action, une réflexion de fond doivent être menée pour catégoriser ces applications et voir comment on peut les traiter avec les outils proposés.

23 octobre 2013 - MJK salle 108

  • La ligne budgétaire du projet s'ouvrira en 2014
  • Le budget est pour financer
    • 2 thèses, ou 1 thèse et 2 post-docs
    • 12 stages de master M2 (entre 4 à 6 mois)
    • organiser 3 réunions annuelles avec des séminaristes invités
    • organiser entre 2 à 3 workshops internationaux pour la diffusion
    • acheter du matériel (postes de travail, etc.)
  • Nous envisageons de créer deux groupes de travail autour des deux axes principaux du projet.
  • Chaque thèse ou post-doc sera encadré par 2 co-encadrants entre deux laboratoires du consortium (dynamisme à créer dans les groupes de travail)
    • Un premier sujet de thèse, sur lequel le projet s'est bâti, concerne l'apprentissage avec des données non-stationnaires - application aux problèmes de prédiction en filtrage collaboratif et la prédiction de liens entre entités nommées dans les bases de connaissances type freebase
    • Il reste à définir le second sujet de thèse/post-doc dans la lignée des axes du projet -- Les propositions (co-encadrants, titre) sont à mettre dans la partie News. L'idée est de définir ce sujet avant la fin de l'année.